KSeF a biuro rachunkowe – kto za co odpowiada przy e-fakturach

Po wejściu KSeF przedsiębiorca nadal jest podatnikiem i to on odpowiada przed urzędem skarbowym za swoje faktury. Biuro rachunkowe może wystawiać i pobierać e-faktury w jego imieniu, ale tylko wtedy, gdy dostanie odpowiednie uprawnienia w systemie. Poniżej wyjaśniamy, jak podzielić obowiązki, jak nadać biuru dostęp krok po kroku i co bezwzględnie zapisać w umowie.

KSeF w skrócie – co już obowiązuje

Od 1 lutego 2026 r. wszyscy podatnicy mają obowiązek odbierania faktur w KSeF, a od 1 kwietnia 2026 r. obowiązek ich wystawiania objął większość firm, w tym jednoosobowe działalności gospodarcze (JDG). Do 31 grudnia 2026 r. obowiązują jeszcze wyjątki, m.in. dla najmniejszych podatników (limit 10 000 zł brutto miesięcznie) i dla faktur z kas rejestrujących (więcej w tekście o fakturze z kasy fiskalnej a KSeF). Zasady liczenia limitu, harmonogram i pozostałe wyjątki opisaliśmy w przewodniku KSeF dla małych firm i JDG.

Obowiązek KSeF dotyczy transakcji B2B. Faktury konsumenckie (B2C) nie są nim objęte – można je wystawiać w systemie dobrowolnie albo poza nim.

Kto za co odpowiada: przedsiębiorca czy biuro?

Przedsiębiorca pozostaje podatnikiem

Zlecenie prowadzenia księgowości nie przenosi na biuro rachunkowe obowiązków podatkowych. To przedsiębiorca jest wystawcą faktury, to jego NIP widnieje w KSeF i to na niego urząd skarbowy może nałożyć karę. W firmach prowadzących pełne księgi ustawa o rachunkowości mówi wprost: kierownik jednostki odpowiada za rachunkowość także wtedy, gdy powierzył ją biuru – jego odpowiedzialność przybiera formę nadzoru.

Biuro odpowiada wobec klienta wyłącznie na podstawie zawartej umowy cywilnoprawnej i musi posiadać obowiązkowe ubezpieczenie OC.

Kary za fakturę poza KSeF

Kary z art. 106ni ustawy o VAT mają być stosowane od 1 stycznia 2027 r. – Ministerstwo Finansów przygotowało projekt, który przesuwa ten termin na 1 stycznia 2028 r. Za fakturę wystawioną poza KSeF, mimo takiego obowiązku, grozi kara do 100% kwoty VAT z tej faktury, a przy dokumencie bez VAT – do 18,7% kwoty należności ogółem. Adresatem kary zawsze jest podatnik, a nie biuro rachunkowe. Szczegóły i listę zadań na ostatnie miesiące 2026 r. znajdziesz w tekście o karach za brak KSeF

Typowy podział zadań

Uprawnienia w KSeF krok po kroku

Biuro rachunkowe nie ma dostępu do faktur klienta z urzędu (nawet jeśli posiada pełnomocnictwo UPL-1). Każdy klient musi nadać mu uprawnienia bezpośrednio w KSeF.

Krok 1. Dostęp właściciela firmy do KSeF

Osoba prowadząca jednoosobową działalność loguje się do darmowej Aplikacji Podatnika KSeF samodzielnie, uwierzytelniając się profilem zaufanym lub podpisem kwalifikowanym. Spółka, która nie dysponuje kwalifikowaną pieczęcią elektroniczną z numerem NIP, musi złożyć zawiadomienie ZAW-FA, w którym wskazuje osobę fizyczną uprawnioną do zarządzania kontem.

Krok 2. ZAW-FA – jak i gdzie złożyć

Od 1 lutego 2026 r. obowiązuje interaktywna wersja formularza ZAW-FA(3). Osoba w nim wskazana otrzymuje pełne uprawnienia do zarządzania kontem podmiotu w KSeF (w tym do nadawania dalszych uprawnień, wystawiania i dostępu do faktur). Zawiadomienie składa się:

• elektronicznie, jako interaktywny formularz w e-Urzędzie Skarbowym,
• w urzędzie skarbowym (wersja papierowa).

Uwaga: Wysyłanie ZAW-FA jako załącznika do pisma ogólnego (np. przez ePUAP) jest nieskuteczne i odrzucane przez urzędy.

Krok 3. Nadanie uprawnień biuru w Aplikacji Podatnika

Kolejne uprawnienia nadaje się już elektronicznie, np. w Aplikacji Podatnika KSeF. Istnieją dwie ścieżki:

• uprawnienie dla podmiotu – wpisujesz NIP biura rachunkowego; biuro samo decyduje, którym pracownikom przydzieli dostęp do Twoich faktur,
• uprawnienie dla osoby fizycznej – wpisujesz PESEL lub NIP konkretnej księgowej; w przypadku zmiany opiekuna w biurze, musisz nadać dostęp ponownie.

Krok 4. Zakres uprawnień

Uprawnienia w KSeF są rozdzielne. Zgodnie z oficjalną nomenklaturą systemu, możesz nadać:

• uprawnienie do wystawiania faktur,
• uprawnienie do dostępu do faktur (pozwalające na ich przeglądanie i pobieranie w formacie XML),
• uprawnienie do zarządzania uprawnieniami.

Biuro, które zajmuje się wyłącznie księgowaniem, potrzebuje jedynie uprawnienia do dostępu do faktur. Jeśli ma również wystawiać dokumenty w Twoim imieniu, konieczne jest uprawnienie do wystawiania. Prawo do zarządzania uprawnieniami najbezpieczniej pozostawić wyłącznie po stronie właściciela firmy. Każde uprawnienie można w dowolnej chwili odebrać.

Jak wygląda współpraca z biurem po zmianach

Faktury zakupowe bez przekazywania papierów

Faktura ustrukturyzowana trafia do KSeF, skąd biuro rachunkowe pobiera ją bezpośrednio do swojego programu księgowego. Nie musisz skanować ani wysyłać faktur kosztowych B2B mailem. Za datę otrzymania faktury uznaje się datę nadania jej numeru KSeF (znacznik czasowy systemu), co jest kluczowe dla terminu odliczenia podatku VAT.

Po stronie przedsiębiorcy pozostaje jedna decyzja: które z pobranych faktur stanowią koszt uzyskania przychodu. KSeF rejestruje wszystkie dokumenty wystawione na Twój NIP, w tym pomyłki oraz zakupy prywatne. Niezbędne jest ustalenie z biurem sprawnego modelu oznaczania i opisywania takich dokumentów.

Integracja programu do faktur z KSeF

Program sprzedażowy zintegrowany z API KSeF wysyła faktury automatycznie, a biuro widzi je bez konieczności wymiany plików. Należy jednak pamiętać, że KSeF nie zwalnia z obowiązku wysyłania plików JPK_V7 – biuro nadal musi je generować. Poza systemem KSeF pozostają m.in. faktury konsumenckie (B2C), paragony, faktury zagraniczne oraz dokumenty wystawiane w ramach wyjątków do końca 2026 r. – te wciąż musisz dostarczać księgowości w tradycyjny sposób.

Co ustalić w umowie z biurem rachunkowym

Przed nadaniem uprawnień w KSeF zaktualizuj umowę z biurem rachunkowym. Kluczowe kwestie to:

1. Zakres dostępu – czy biuro wyłącznie pobiera faktury, czy również je wystawia.
2. Kto wystawia faktury sprzedaży i na jakiej podstawie (zlecenie w systemie, lista, dane z programu).
3. Terminy – do kiedy przedsiębiorca oznacza faktury zakupowe w KSeF jako kosztowe i do kiedy przekazuje dokumenty wyłączone z systemu (np. B2C).
4. Obieg faktur kwestionowanych – kto kontaktuje się z kontrahentem w przypadku wystawienia błędnej faktury (w KSeF nie ma not korygujących, konieczna jest faktura korygująca od sprzedawcy).
5. Tryb awaryjny (offline) – kto odpowiada za wygenerowanie faktury w formacie XML i dostarczenie jej nabywcy, gdy system MF ulegnie awarii, oraz kto pilnuje terminu późniejszej wysyłki pliku do KSeF.
6. Odpowiedzialność i OC – precyzyjny podział odpowiedzialności za błędy w plikach XML oraz weryfikacja sumy gwarancyjnej ubezpieczenia biura.
7. Koniec współpracy – procedura natychmiastowego odebrania uprawnień w systemie.

Jak KSeF obsługujemy w UKAD

W UKAD wsparcie w obsłudze KSeF stanowi integralną część usług księgowych. Zapewniamy pomoc techniczną i merytoryczną: od konfiguracji uprawnień, przez automatyzację pobierania e-faktur, po weryfikację zgodności plików XML ze schemą Ministerstwa Finansów. Jako Certyfikowany Partner Wdrożeniowy wFirma pomagamy zintegrować oprogramowanie sprzedażowe z KSeF. Zakres pakietów i ceny znajdziesz na stronie biura rachunkowego UKAD.

Najczęściej zadawane pytania